Oxford Nanopore大中华区用户会-杭州场精彩回顾
2023-03-27
3月25日,Oxford Nanopore大中华区与杭州宝诚生物技术有限公司,上海柏辰生物科技有限公司联合举办的用户会圆满落幕。本次会议包含线下及线上会场,同步进行,线上直播平台点击超1800次。会上,来自不同研究领域的科学家们进行了专题报告,分享他们利用纳米孔测序获得的研究成果,内容涵盖病源微生物、人类基因组、癌症研究、动植物基因组等多个应用领域。纳米孔测序技在昆虫基因组研究中的应用叶恭银 教授浙江大学农业与生物技术学院,党委书记兼副院长、博士生导师近年来,叶恭银教授课题组持续利用纳米孔测序技术等组学手段,完成了10余种重要农业害虫寄生蜂的多组学测序工作,以寄生蜂基因组为模式,探索基因组演化规律,发现基因组大小与基因组稳定演化机制;利用比较基因组学方法,系统解析了寄生蜂重要性状的遗传基础,包括寄生蜂个体小型化的演化机制和寄生蜂寄生适应性相关的氨基酸代谢通路演化特征;进而着重解析了10余种寄生蜂的毒液基因信息,挖掘了金小蜂、螯蜂、平腹小蜂等寄生蜂毒液关键控害功能基因,并揭示其演化机制。基于数据分离的染色体端粒到端粒无缺失组装技术甘祥超 教授 南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,博士生导师“GALA :利用三代测序实现端粒到端粒的无缺失染色体组装”。对当前的整个基因组混合测序的数据,现有的基因组组装算法都是“先组装、后染色体分离”的流程。本研究针对现有的测序技术中多条染色体混合、数据互相串扰的瓶颈问题,首创了“先分离,后组装”的技术路线。仅利用OxfordNanopore数据,便可实现多个物种端粒到端粒的无缺失组装。这一技术也可灵活利用参考基因组、遗传图谱以及Hi-C多种异质性数据提高复杂基因组的组装精度。GALA已经在github开源公布。基因测序在流感、禽流感快速鉴定与溯源中的应用及体会李钧 主任技师杭州市疾病预防控制中心,卫生检验中心副主任、硕士生导师基层疾控身处疫情防控一线,肩负了大量病原体的快速鉴定和溯源工作近年来杭州疾控利用高通量测序对人感染流感、禽流感病毒的监测预警,已测序获得1188个高质量流感病毒基因组数据。目前基层疾控测序的不足以及未来发展的需求:■ 测序准确性和及时性的平衡■ 低质量样本测序、复杂样本(环境样本、混合样本) 的测序■ 宏基因组测序及其样本前处理、未知病原鉴定■ 特征性位点突变,位点多态性分析■ 生信大数据分析、数据可视化复...[+查看详情]